本系成立於民國五十七年，就本校童軍教育專修科改制而成，且因應當時中等學校公民及三民主義教學的需要，將公民教育、童軍教育、三民主義及訓育四個學術領域合併成為「公民訓育學系」。自民國六十三年奉准設立夜間部，七十九年成立碩士班，八十九年奉准成立博士班，另於八十年開辦暑期四十學分班，八十八年設立暑期教學碩士班，九十年設立學生事務在職碩士班，九十三年設立活動領導在職碩士班，九十九年原暑期教學碩士班改制為週末教學碩士班，除了提昇本系學術研究水準外，並提供教師及在職人士進修管道。

       本系是全國少數培育公民與童軍教育師資與學生事務人員的科系，近年配合政府教育改革政策，積極培養國民中學「社會學習領域─公民」與「綜合活動學習領域─童軍教育」、高中職「公民與社會」等科目之師資、各級學校學生事務人員、各機構活動領導人員；以及從事高深學術研究，並提供教師與社會人士在職進修。

      九十一年為了因應「師資培育多元化」政策及國民中小學「九年一貫課程」之改革，本學系奉准更改系名為「公民教育與活動領導學系」，並調整學系目標及課程架構，也特別强化戶外活動教育的發展。

       本系在師生共同努力之下，畢業生在教育崗位佔有一席之地，系友在中等學校擔任校長、主任、組長、團長者人數眾多，表現出色。本系畢業之系友約有3000多位，多在教育相關領域的重要崗位奉獻服務。

本系創辦迄今已有50年，歷任系主任為：

崔載陽先生（五十七年～六十年）
蕭忠國先生（六十年～六十一年）
張載宇先生（六十一年～六十七年）
曹世昌先生（六十七年～七十三年）
謝瑞智先生（七十三年～七十六年）
沈　六先生（七十七年～八十二年）
林有土先生（八十三年～八十五年）
廖添富先生（八十五年～八十八年）
張秀雄先生（八十八年~九十一年）
溫明忠先生（九十一年~九十四年）
鄧毓浩先生（九十四年~九十七年）
溫明忠先生（九十七年~一ＯＯ年）
  林佳範先生（一ＯＯ年~一Ｏ六年）
  蔡居澤先生（一Ｏ六年~一一二年）

  黃信豪先生（一一二年~迄今）